使用DGX-1 服务器加速解析全球首个新冠病毒完整分子结构

使用DGX-1 服务器加速解析全球首个新冠病毒完整分子结构

时间:2021年01月15日 10:34
 
 
活动内容
演讲简介

我们将分享使用 DGX-1 服务器解析全球首个新冠病毒完整分子结构的经历。 2020 年新冠大流行肆虐全球,而新冠病毒是个“看不见的敌人”。看不见便缺少恐惧。在重灾区,常看见民众、政府在防疫措施的实施上严重迟缓。在全球反抗疫的游行中,不少民众举着“新冠是个骗局”的牌子,为病毒传播推波助澜。

我们使用冷冻电子显微镜采集新冠病毒超过 100TB 的断层图像(目前最大的冷冻电镜断层图像数据集),并筛选出 2294 颗病毒,5.5 万个刺突蛋白及 2 万个核糖核蛋白颗粒的三维图像。在 DGX-1 等高性能 GPU 服务器的帮助下,我们从内到外解析出新冠病毒的完整结构,并重构出一颗具有代表性的完整病毒三维结构,分辨率最高达 7.8 Å。

原位解析出刺突蛋白的天然构像和分布,对疫苗研制及药物研发具有重要科学意义。我们还开创性地揭示了新冠病毒核糖核蛋白复合物的天然结构及其分子组装机制,为病毒如何在 80 纳米直径体腔内收纳长达 30Kb RNA 的谜题提供解释。研究结果公布以来,在全球引发巨大反响。该结构已在电子显微镜数据库公开,对疫苗及抗体研发、疫情防控宣传、科普教育、分子动力学模拟等具有重要作用。

演讲人:李赛
助理教授, 清华大学



我们的研究兴趣包括: 1)高分辨冷冻电镜断层成像(cryo-Electron Tomography,cryo-ET)方法开发及高性能结构计算; 2)新发致病型囊膜病毒的组装及通过膜融合去组装的结构与功能。我们使用 cryo-ET 解析以新冠病毒为代表的囊膜病毒全病毒结构,希望回答以下重要问题:囊膜病毒如何组装,又如何通过膜融合去组装?可否找到病毒在这个过程中的弱点?

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