NVIDIA为COVID-19研究提供基因组测序软件，腾讯云等首批支持
2020-04-09 18:24
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用于GPU的基因组测序软件帮助研究人员更快了解新型冠状病毒。
当危机袭来时，每个人都需全力以赴地应对危机。为应对此次新型冠状病毒疫情，NVIDIA为研究人员们提供了相关工具，使他们能够更快地了解COVID-19，并有助于研究应对措施。
NVIDIA 宣布自3月20日起，向全球所有新型冠状病毒研究人员免费提供90天的Parabricks使用权。Parabricks基于著名的Genome Analysis Toolkit，可通过GPU将序列数据分析速度提高50倍。
NVIDIA正在邀请合作伙伴一同开展这项迫在眉睫的工作，为研究人员提供帮助，包括正在与云服务供应商和超级计算中心讨论在他们的平台上提供计算资源和Parabricks访问。
目前，首批提供NVIDIA这一支持的合作伙伴包括：
Oracle将通过Oracle云基础设施提供裸机NVIDIA GPU。
core Scientific与NetApp合作，通过ONTAP AI提供免费接入NVIDIA DGX系统和NetApp云连接存储。
腾讯云作为全球知名的云厂商之一，为全球参与抗击疫情的科研机构，免费提供最长90天的GPU实例。
Parabricks是一款NGS基因数据二次分析软件套件。它能够以极快的速度和极低的成本交付分析结果。通过与GPU紧密集成，Parabricks可以在大约45分钟内完成全基因组分析，相比于WGS数据所需的30小时，其速度快了30倍。而且其输出结果能够与常用软件完全匹配。因此，验证其输出的准确性也是相当简单的。自Parabricks设计之初，就有GPU计算和深度学习专家参与到了该软件的构建工作当中，他们希望能够开发出最快、最有效的通用型基因组算法，以实现二次分析。
使用Oxford Nanopore long-read数据的研究人员可在GitHub上找到GPU加速工具存储库。此外，以下应用已内置NVIDIA GPU加速功能：Medaka、Racon、Raven、 Reticulatus和 Unicycler。
目前，研究人员正在对新型冠状病毒和COVID-19感染者的基因组进行测序，以了解疾病的传播方式并确定易感染人群。但分析基因组序列需要耗费大量的时间和计算力。
长期以来，加速科学研究始终都是NVIDIA的核心使命之一。Parabricks团队于去年12月加入NVIDIA，为此项工作提供了最新的工具。它可以在一台服务器上快速分析一个人的全部基因组变异，将分析时间从几天缩短至一个小时以内。
鉴于此次疫情史无前例的传播速度，将获得结果的时间从数天缩短至数小时能够对了解病毒进化和疫苗开发产生巨大的推动作用。
目前中国用户可通过以下两种方式申请Parabricks使用权：
如果您正在使用NVIDIA GPU，可以通过下方链接，填写表格，申请Parabricks使用权：
https://www.nvidia.com/en-us/docs/nvidia-parabricks-researchers/
研究人员也可通过下方链接，或点击文章底部“阅读原文”，申请腾讯云提供的免费GPU实例与Parabricks使用权：
https://cloud.tencent.com/apply/p/4pak447h0by
随着更多合作伙伴参与支持此计划，NVIDIA将在本文底部更新更多相关链接。
相关链接：
Parabricks相关文件：https://docs.parabricks.com/
白皮书：https://www.parabricks.com/parabricks-whitepapers-on-rapid-genome-mapping/
当危机袭来时，每个人都需全力以赴地应对危机。为应对此次新型冠状病毒疫情，NVIDIA为研究人员们提供了相关工具，使他们能够更快地了解COVID-19，并有助于研究应对措施。
NVIDIA 宣布自3月20日起，向全球所有新型冠状病毒研究人员免费提供90天的Parabricks使用权。Parabricks基于著名的Genome Analysis Toolkit，可通过GPU将序列数据分析速度提高50倍。
NVIDIA正在邀请合作伙伴一同开展这项迫在眉睫的工作，为研究人员提供帮助，包括正在与云服务供应商和超级计算中心讨论在他们的平台上提供计算资源和Parabricks访问。
目前，首批提供NVIDIA这一支持的合作伙伴包括：
Oracle将通过Oracle云基础设施提供裸机NVIDIA GPU。
core Scientific与NetApp合作，通过ONTAP AI提供免费接入NVIDIA DGX系统和NetApp云连接存储。
腾讯云作为全球知名的云厂商之一，为全球参与抗击疫情的科研机构，免费提供最长90天的GPU实例。
Parabricks是一款NGS基因数据二次分析软件套件。它能够以极快的速度和极低的成本交付分析结果。通过与GPU紧密集成，Parabricks可以在大约45分钟内完成全基因组分析，相比于WGS数据所需的30小时，其速度快了30倍。而且其输出结果能够与常用软件完全匹配。因此，验证其输出的准确性也是相当简单的。自Parabricks设计之初，就有GPU计算和深度学习专家参与到了该软件的构建工作当中，他们希望能够开发出最快、最有效的通用型基因组算法，以实现二次分析。
使用Oxford Nanopore long-read数据的研究人员可在GitHub上找到GPU加速工具存储库。此外，以下应用已内置NVIDIA GPU加速功能：Medaka、Racon、Raven、 Reticulatus和 Unicycler。
目前，研究人员正在对新型冠状病毒和COVID-19感染者的基因组进行测序，以了解疾病的传播方式并确定易感染人群。但分析基因组序列需要耗费大量的时间和计算力。
长期以来，加速科学研究始终都是NVIDIA的核心使命之一。Parabricks团队于去年12月加入NVIDIA，为此项工作提供了最新的工具。它可以在一台服务器上快速分析一个人的全部基因组变异，将分析时间从几天缩短至一个小时以内。
鉴于此次疫情史无前例的传播速度，将获得结果的时间从数天缩短至数小时能够对了解病毒进化和疫苗开发产生巨大的推动作用。
目前中国用户可通过以下两种方式申请Parabricks使用权：
如果您正在使用NVIDIA GPU，可以通过下方链接，填写表格，申请Parabricks使用权：
https://www.nvidia.com/en-us/docs/nvidia-parabricks-researchers/
研究人员也可通过下方链接，或点击文章底部“阅读原文”，申请腾讯云提供的免费GPU实例与Parabricks使用权：
https://cloud.tencent.com/apply/p/4pak447h0by
随着更多合作伙伴参与支持此计划，NVIDIA将在本文底部更新更多相关链接。
相关链接：
Parabricks相关文件：https://docs.parabricks.com/
白皮书：https://www.parabricks.com/parabricks-whitepapers-on-rapid-genome-mapping/
