为帮助应对COVID-19新型冠状病毒肺炎的爆发，美国橡树岭国家实验室（ORNL）的研究人员们正在利用全球最快的超级计算机来识别可能有效对抗该病毒的化合物。

作为全球最快的超级计算机，Summit由9,216个IBM Power9 CPU和27,000多个NVIDIA V100 Tensor Core GPU赋能。糖基化的刺突蛋白（S蛋白）是该病毒进入宿主细胞的主要途径，借助于Summit，研究人员确定了77种有望能够与糖基化的刺突蛋白相结合的小分子药物化合物。

“依据近期发表的一篇有关于该病毒的研究文献中的相关信息，我们得以设计出一个完整的计算模型，”Micholas Smith表示，他参考了近期发表在《中国生命科学》杂志上的一项研究论文——《武汉暴发新冠状病毒的进化及其对人类传播危险蛋白的建模》。

借助于NVIDIA V100 GPU和GROMACS（一个用于生物分子系统的GPU加速模拟软件包），研究小组对8,000多种化合物进行了实验。他们的研究结果已于上月发表在化学研究期刊《ChemRxiv》之上。

Smith在一篇新闻稿件中介绍到：“我们根据相关标准，对这些化合物与S蛋白结合的可能性进行了排序。”

在该研究进行的同时，一组来自于德克萨斯大学奥斯汀分校（University of Texas at Austin）和美国国立卫生研究院（NIH）的科学家发布了一个更精确的S蛋白模型。ORNL的研究小组计划利用此全新数据再次进行他们的研究，这可能会影响77种化合物的排序。

田纳西大学（University of Tennessee ）董事会主席兼UT/ORNL分子生物物理学中心主任Jeremy Smith表示：“Summit能够帮助我们快速获取所需的模拟结果，只需一两天的时间，就能得到结果。而在普通电脑上，这却需要花费几个月的时间。”

Smith认为，尽管他们的工作无法直接治愈或治疗COVID-19。但是，他和研究小组希望他们的发现能够为未来的研究提供帮助，并为科学家进一步研究这些化合物提供一个框架。